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ATAC-seq产品简介ATAC-seq，全称Assay for Transposase-Accessible Chromatin with high throughput sequencing，即转座酶可接近染色质测序，是一种表观遗传学研究技术。该技术利用转座酶Tn5将接头序列插入开放的染色质区域，并通过高通量测序技术对这些区域进行全基因组范围的测序，进而获得染色质可接近性的详细图谱。实验流程产品优势实验成熟：重复性好，信噪比高、特异性强经验丰富：已积累50+种动植物组织抽核经验分析全面：在标准分析基础上可提供ATAC-seq&转录组关联分析、ATAC-seq&单细胞转录组关联分析等多组学联合分析应用方向绘制全基因组染色质开放性图谱绘制出全基因组染色质开放性图谱，对于理解基因表达调控网络、挖掘调控元件以及预测转录因子结合位点等具有重要意义。鉴定差异开放染色质区域通过比较不同条件下的ATAC-seq数据，可以鉴定出差异开放染色质区域。这些区域可能与特定生物过程或疾病状态的基因表达调控密切相关。预测转录因子结合位点通过motif分析可以预测特定时空下发挥关键作用的转录因子结合位点。这对于揭示转录因子的调控机制、理解基因表达调控网络具有重要作用。挖掘转录调控过程的关键因子通过ATAC-seq数据，可以挖掘出转录调控过程中的关键因子，如增强子、沉默子等。这些因子对于理解基因表达的精确调控机制具有重要意义。联合其他组学技术研究与其他组学技术（如RNA-seq、ChIP-seq、Hi-C等）相结合，从多个角度综合阐释调控网络与分子机制。分析内容分析内容具体内容1.原始测序数据质控1.1 测序数据质控1.2 测序数据质量评估2.参考序列比对2.1 基本统计2.2 染色体reads分布2.3 reads来源分析2.4 基因图谱3.检出峰分析（peak calling）3.1 基本统计3.2 峰基因注释3.3 峰基因GO富集分析3.4 峰基因KEGG富集分析4.转录因子Motif分析4.1 Motif检测4.2 Motif关联靶基因筛选4.3 Motif的靶基因GO功能富集分析4.4 Motif的靶基因KEGG富集分析5.差异分析5.1 差异peak分析5.2 差异Motif分析5.3 差异Motif的靶基因分析送样建议样本类型样本量注意事项细胞≥50万个保证细胞活性＞80%动物组织50-100mg新鲜组织离体后需迅速处理并进行程序降温冻存植物组织幼嫩组织≥300mg，种子、根等组织≥500mg新鲜组织离体后需迅速处理并进行程序降温冻存

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Hi-C测序

Hi-C测序产品简介Hi-C全称为高通量染色体构象捕获技术（高通量染色体构象捕获技术），其主要是以整个细胞核为研究对象，利用高通量测序技术，结合生物信息分析方法，研究全基因组范围内整个染色质在空间位置上的关系，获得高分辨率的染色质调控元件相互作用图谱，更加全面阐述染色质三维结构。实验流程应用方向辅助基因组组装Hi-C技术可以辅助基因组组装，尤其在一些复杂有难度的基因组上，可以改善现有的基因组发现新的功能基因，可以辅助单倍型基因组组装并已应用于多倍体上。染色质结构变异检测结合基因组及表观功能组学研究技术，对细胞核内的三维空间结构与基因功能和结构变异间的关系进行研究,了解物种或疾病远距离互作和结构变异形成的空间基础与调控机制，实现对物种基因组的遗传机制和生物功能的深入挖掘。多组学联合分析多组学联合分析一般是多样本，联合其他组学（ATAC-seq、ChIP-seq、RNA-seq）分析染色质三维结构变化下表观修饰和基因表达的改变。这个应用思路可以做物种进化分析、突变体分析、环境胁迫分析等，用于发现这些差异带来的转录调控变化机制。

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RNA甲基化m6A

RNA甲基化m6A产品简介N6甲基腺苷修饰（m6A）是mRNA中最常见的甲基化修饰，在mRNA加工过程中发挥重要作用。m6A甲基化测序利用特异识别m6A（N6-甲基腺苷）修饰的抗体，对细胞内具有m6A修饰的RNA片段进行免疫共沉淀。随后结合高通量测序技术，对沉淀下来的RNA片段进行测序分析。精确鉴定RNA分子中的m6A修饰位置和程度，揭示RNA中m6A修饰的丰度和分布。m6A甲基化测序在生长发育过程中的基因调控、环境适应性、癌症研究、药物开发等领域具有广泛的应用前景。项目流程技术优势低起始量：独家专利技术，将Total RNA起始量由100μg级别降至10μg级别高重复性：变异系数低，平行性好，可有效实现不同样本间相对定量分析全面：全面的分析内容，助力高水平研究发表应用方向疾病发生发展机制：肿瘤、神经系统疾病、代谢疾病、感染、自身免疫性疾病等发育和分化：早期胚胎发育、个体/组织/器官生长发育、干细胞分化、衰老等环境适应性机制：抗逆性、抗病性等送样建议样本类型样本量注意事项组织样本＞1g保证样本新鲜，去掉坏死及有污染的部分，洗净杂细胞样本＞5×107需要E D TA抗凝管（紫色盖子）收集新鲜的血液Total RNA＞15μg富集后的mRNA应没有其他RNA和DNA污染；样品切忌反复冻融分析内容1.数据质量评估1.数据质量评估2.参考基因组比对2.1 Reads比对结果统计2.2比对区域分布2.3比对可视化3.富集区域（peak）分析3.1 peak鉴定3.2差异peak分析3.3 peak注释4.相关基因分析4.1相关基因注释4.2相关基因注释富集分析5.motif分析5.1 motif鉴定5.2 motif富集分析

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全基因组甲基化WGBS

全基因组甲基化WGBS产品简介全基因组甲基化测序（WGBS,Whole-genome bisulfite sequencing）是一种被广泛研究的表观遗传修饰方式，结合了亚硫酸氢盐转化方法与新一代高通量测序技术，与组蛋白修饰等方式一起，可在单碱基分辨率水平上检测全基因组DNA甲基化状态，在调控基因表达和染色质构象等方面发挥了重要作用。用重亚硫酸盐（Bisulfite）处理，将基因组中未发生甲基化的C碱基转换成U，通过接头序列介导的PCR技术将U转变为T，与原本具有甲基化修饰的C碱基区分开来，再结合高通量测序技术与参考序列比对，进而判CpG/CHG/CHH 位点是否发生甲基化。图1 WGBS文库构建流程实验流程技术优势（1）单碱基分辨率：可以精确到单碱基分辨率，精确分析每一个C碱基的甲基化状态；（2）全基因组覆盖：最大限度地获取完整的全基因组甲基化信息，精确绘制甲基化图谱；（3）适用范围广：适合所有有参物种，适合各种类型样本；应用方向构建全基因组甲基化图谱：WGBS可以最大限度地获取完整的全基因组甲基化信息，绘制精确的单碱基分辨率甲基化图谱，这对于揭示物种基因组甲基化的整体特征具有重要意义。筛选疾病生物标志物：WGBS可用于研究胚胎发育、衰老等生理活动发展的表观遗传机制，筛选与这些过程相关的甲基化分子标志物。这些标志物在疾病诊断、预后评估以及个性化治疗等方面具有潜在的应用价值。动植物育种研究：WGBS可用于研究植物或畜禽发育过程中全基因组DNA甲基化的变化，为培育高产、优质、抗逆的动植物新品种提供理论依据。跨物种甲基化水平比较：通过比较不同物种之间的甲基化模式，可以揭示物种间的表观遗传差异和进化关系。分析内容1.数据质量评估1.数据质量评估2.参考基因组比对2.2比对区域分布2.3比对可视化3.单样本甲基化分析3.1染色体甲基化统计3.2基因组甲基化环图3.3基因甲基化图谱3.4单样本甲基化统计4.DMRs分析4.1基于基因的DMRs分析4.2基于miRNA的DMRs分析4.3重复序列DMRs分析4.4基因的KEGG注释

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