解决方案

联系我们

电子邮箱
support@glbizzia.com

电话：
010-53918309

地址:
北京市大兴区生物医药产业基地联东U谷17号楼

高密度标记检测定制化方案：低深度全基因组重测序（LcWGS）

方案介绍

低深度全基因组重测序（Low coverage whole genome sequencing，LcWGS）是一种低成本的基因分型技术，通过群体中所有个体进行1X 低深度测序，基于高深度测序数据构建的参考面板（reference panel）对缺失基因型进行填充，得到全基因组范围内的高密度SNP，极好地控制测序成本，尤其在大基因组群体基因组学研究方面充满潜力。

 

方案优势

1、降低测序成本：LcWGS以1X测序深度降低测序成本，然后通过基因型填充获取全基因组范围高密度高准确度的SNP位点信息。
2、无需预设：可以发现新的表型关联位点。
3、不受物种/品种限制：适用范围更广泛。
4、经验丰富：已完成园艺植物、经济作物、家畜等物种的LcWGS定制化方案。

应用场景

全基因组关联分析（GWAS）、全基因组连锁分析（QTL定位）、精细定位、群体遗传学分析、全基因组选择、种质资源鉴定、亲缘关系鉴定、经济性状评估。

服务流程

服务内容

1、测序服务：对群体进行1X低深度测序，并对数据结果进行群体结构分析，根据分析结果选取代表性个体进行高深度测序。
2、构建参考面板（reference panel）：利用代表性个体高深度测序的结果构建参考面板。
3、基因型填充：根据构建的参考面板对1X LcWGS群体数据进行基因型填充并评估填充效果。
4、下游分析：根据研究目的，可提供下游全基因组关联分析（GWAS）或全基因组选择分析（GS）育种等服务。

案例分享

某大基因组经济作物，共370例样本进行1X LcWGS测序，根据群体结构分析，共选取96个个体进行30X高深度测序构建参考面板。利用参考面板对1X LcWGS 数据进行填充，其基因型一致率为0.966，基因型相关性为0.979。

群体结构分析示意图

上一页：

无

下一页：

无