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ATAC-seq
产品简介
ATAC-seq，全称Assay for Transposase-Accessible Chromatin with high throughput sequencing，即转座酶可接近染色质测序，是一种表观遗传学研究技术。该技术利用转座酶Tn5将接头序列插入开放的染色质区域，并通过高通量测序技术对这些区域进行全基因组范围的测序，进而获得染色质可接近性的详细图谱。
实验流程
产品优势
实验成熟：重复性好，信噪比高、特异性强
经验丰富：已积累50+种动植物组织抽核经验
分析全面：在标准分析基础上可提供ATAC-seq&转录组关联分析、ATAC-seq&单细胞转录组关联分析等多组学联合分析
应用方向
绘制全基因组染色质开放性图谱
绘制出全基因组染色质开放性图谱，对于理解基因表达调控网络、挖掘调控元件以及预测转录因子结合位点等具有重要意义。
鉴定差异开放染色质区域
通过比较不同条件下的ATAC-seq数据，可以鉴定出差异开放染色质区域。这些区域可能与特定生物过程或疾病状态的基因表达调控密切相关。
预测转录因子结合位点
通过motif分析可以预测特定时空下发挥关键作用的转录因子结合位点。这对于揭示转录因子的调控机制、理解基因表达调控网络具有重要作用。
挖掘转录调控过程的关键因子
通过ATAC-seq数据，可以挖掘出转录调控过程中的关键因子，如增强子、沉默子等。这些因子对于理解基因表达的精确调控机制具有重要意义。
联合其他组学技术研究
与其他组学技术（如RNA-seq、ChIP-seq、Hi-C等）相结合，从多个角度综合阐释调控网络与分子机制。
分析内容
| 分析内容 | 具体内容 |
| 1.原始测序数据质控 | 1.1 测序数据质控 1.2 测序数据质量评估 |
| 2.参考序列比对 | 2.1 基本统计 2.2 染色体reads分布 2.3 reads来源分析 2.4 基因图谱 |
| 3.检出峰分析（peak calling） | 3.1 基本统计 3.2 峰基因注释 3.3 峰基因GO富集分析 3.4 峰基因KEGG富集分析 |
| 4.转录因子Motif分析 | 4.1 Motif检测 4.2 Motif关联靶基因筛选 4.3 Motif的靶基因GO功能富集分析 4.4 Motif的靶基因KEGG富集分析 |
| 5.差异分析 | 5.1 差异peak分析 5.2 差异Motif分析 5.3 差异Motif的靶基因分析 |
送样建议
| 样本类型 | 样本量 | 注意事项 |
| 细胞 | ≥50万个 | 保证细胞活性＞80% |
| 动物组织 | 50-100mg | 新鲜组织离体后需迅速处理并进行程序降温冻存 |
| 植物组织 | 幼嫩组织≥300mg，种子、根等组织≥500mg | 新鲜组织离体后需迅速处理并进行程序降温冻存 |
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