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C4单细胞转录组

产品简介

C4单细胞转录组技术是一种基于Droplet-based原理的高通量测序技术。该技术通过双磁珠系统精准识别并捕获单个细胞中的mRNA。具体来说，大磁珠用于标记细胞和捕获mRNA，而小磁珠则用于标记同一液滴内的大磁珠，从而增加捕获效率。在捕获到mRNA后，利用Oligo进行逆转录合成cDNA，随后对cDNA进行建库测序。在此过程中，cell barcode和oligo index被用于建立reads-磁珠-细胞的映射关系，从而确保数据的准确性。该平台具有更高的性价比，更适合大样本量、超大数据单细胞研究。

产品优势

优势一：动植物单细胞样本制备经验丰富

物种经验50+，组织经验180+，项目经验3000+

优势二：高稳定性

批次间差异小，重复性好

优势三：高性价比

更适合大样本量、超大数据单细胞研究

优势四：业内首家承诺交付质量，建立单细胞服务新标准

单细胞转录组捕获细胞数＞8000，基因中位数＞800；

优势五：丰富生信分析和文章发表经验

在Nature communications、Advanced Science等国际高水平期刊发表多篇单细胞署名文章：平均影响因子13.4。其他组学署名文章：累计影响因子200+

项目流程

分析内容

分析内容分析详情可解决问题
1.测序数据统计与评估

1.1 各个样本测序数据基本质控

1.2 各个样本数据比对

1.3 基因表达定量

数据过滤与质控
2.多样本整合分群聚类

2.1 样本聚类分群可视化

2.2 细胞占比统计

2.3 各分群差异基因可视化

样本整合与细胞降维聚类
3.细胞注释

3.1 细胞注释可视化

3.2 细胞占比统计

3.3 细胞注释markers可视化

明确细胞类型，细胞比例在组间的变化，细胞类型特异性高表达基因可视化
4.差异基因分析

4.1 上调表达基因筛选

4.2 上调基因表达分布

4.3 下调表达基因筛选

4.4 下调基因表达分布

基于各个细胞类型的组间差异表达基因鉴定
5.功能富集分析

5.1 GO富集分析

5.2 KEGG富集分析

差异表达基因的功能分析
6.拟时序分析

6.1 Monocle 2

6.2 分支节点分析

推导细胞的分化轨迹，明确关键基因随分化过程的表达模式，明确决定细胞分化命运的关键基因
7.个性化分析

7.1 细胞通讯分析

7.2 转录因子分析

7.3 WGCNA

7.4 Bulk RNA联合分析

7.5 多组学联合分析

基于单细胞分辨率视角挖掘候选基因，构建调控网络

送样建议

样本类型组织类型单细胞推荐送样量
动物送样量新鲜组织＞500mg
冻存组织＞500mg
新鲜血液＞5ml
液体样本＞50ml
细胞样本＞1x106
植物样本送样量植物样本

常规样本＞500mg

花粉、花药＞200mg

合作案例

格致博雅作为共一和共同通讯合作单位,深度参与了利用单细胞测序技术解析调控玉米锈病抗性机制

期刊名称：Plant Biotechnology Joumal （IF：11.2）

发表时间：2024年11月

应用技术：C4单细胞转录组

文章标题：single-cell transcriptomic profiling of maize cel heterogeneity and systemic immune responses against Pucciniapolysora Underw(利用单细胞测序技术解析调控玉米锈病抗性的机制)

研究结果

该研究首次构建了多堆柄锈菌(P,polysora)感染的玉米叶片单细胞图谱。通过分析抗病自交系R99与易感自交系N110在真菌感染后的组胞类型特异性免疫应答差异，揭示了保卫细胞和表皮细胞的免疫激活状态对于R99抗病性的重要贡献。进一步，研究团队鉴定到抗玉米南方锈病的关键基因---ZmCHit7,为培育抗南方锈病的玉米新品种提供了宝贵的理论依据。

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C4单细胞ATAC

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10×Genomics单细胞转录组