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牛低深度全基因组重测序(LcWGS)
产品介绍
低深度全基因组重测序（Low coverage whole genome sequencing，LcWGS）是一种低成本的基因分型技术，通过对群体中所有个体进行1X重测序，基于大样本量高深度reference panel对缺失基因型进行填充，得到全基因组范围内的高密度SNP，极好地控制测序成本。
借助格致博雅构建的牛高质量reference panel，能以较低的成本获取牛全基因组水平高准确度的遗传标记，对性状相关候选基因和功能突变进行广泛筛选，提高基因组育种值估计（GEBV）的预测准确性，为牛的早期选择及遗传改良提供强有力的数据支持。
产品优势
1、经过上百个样本的建库测试，提供稳定的1X测序覆盖度，可达58%以上；
2、构建牛的高质量基因型填充参考面板，基因填充一致性可达0.98以上；
3、一键化基因型填充流程，精确高效获取覆盖全基因组的SNP。
项目流程
周期：10天
送样建议
样本类型 | 送样量 |
DNA样本 | ≧20ng/μl；OD260/OD280：1.8-2.0；总量不低于100ng; |
血液 | 全血≥400μl |
毛发 | ＞30根（带毛囊） |
组织 | ≥500mg |
应用案例
该研究构建了牛的参考面板，并利用参考面板对LcWGS和SNP芯片数据进行了基因型填充，结果显示，对于荷斯坦牛，1X LcWGS的填充平均一致率达到了99.6%；对于西门塔尔牛，1X LcWGS的填充平均一致率达到了98.8%。
基于不同SNP密度芯片及不同测序深度重测序结果进行填充后效果评估：0.1X、0.5X和1X LcWGS均优于50K芯片。
Zhang, Z., Wang, A., Hu, H., Wang, L., Gong, M., Yang, Q., Liu, A., Li, R., Zhang, H., Zhang, Q., Shah, A. M., Wang, X., Wang, Y., Liu, Q., Gao, L., Zhang, Z., Wang, C., Ma, Y., Cai, Y., & Jiang, Y. (2023). The efficient phasing and imputation pipeline of low-coverage whole genome sequencing data using a high-quality and publicly available reference panel in cattle. Animal Research and One Health, 1(1), 4–16. https://doi.org/10.1002/aro2.8
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